장기보유특별공제 개편안 정리: 2029년부터 거주기간만 공제, 1주택자 공제율 비교

작성 기준일: 2026년 10월 (정부 세제 개편안 기준)

삼춘은 2025년에 아파트를 분양받아 내년에 입주를 앞두고 있습니다. 그런데 사정상 바로 못 들어가고 전세를 줘야 할 수도 있어서, 나중에 팔 때 세금이 어떻게 될지 알아보다가 이 개편안을 보게 됐습니다.

정부가 양도세 장기보유특별공제(장특공제)를 ‘얼마나 오래 가지고 있었나’가 아니라 ‘얼마나 오래 살았나’ 기준으로 바꾸는 개편안을 냈습니다. 오래 보유했어도 실제로 산 기간이 짧다면 공제가 크게 줄어듭니다.

다만 이 내용은 2026년 7월 발표되어 9월 국회에 제출된 정부안이고, 아직 확정된 법이 아닙니다.

국회 심사 과정에서 바뀔 수 있습니다. 알아볼 내용을 표로 정리해 드릴게요.

장기보유특별공제 개편, 연도별로 무엇이 바뀌나

핵심은 보유와 거주를 함께 보던 방식이 2028년부터 단계적으로 거주 중심으로 바뀐다는 것입니다. 장특공제는 집을 팔아 생긴 차익에서 보유·거주 기간에 따라 일정 비율을 빼 주는 제도로, 공제율이 높을수록 양도세가 줄어듭니다.

현행: 2027년까지는 보유와 거주를 각각 계산

2027년까지는 지금 제도가 그대로 유지됩니다. 보유기간 연 4%, 거주기간 연 4%를 각각 공제하고, 합산 최대 80%까지 받을 수 있습니다.

2028년: 보유 공제는 줄고 거주 공제는 늘어남

2028년에는 보유 공제가 연 2%(최대 20%)로 줄고, 거주 공제는 연 6%(최대 60%)로 늘어납니다. 여기에 개인별 연간 공제액 한도 20억 원이 새로 생깁니다. 이 한도는 2029년 양도분부터 연 10억 원으로 더 낮아집니다. 고가 주택을 팔아 차익이 아주 큰 경우가 아니라면 한도보다는 공제율 변화가 더 크게 체감될 것입니다.

2029년부터: 보유 공제 폐지, 거주 기간만 연 8%

2029년부터는 보유 공제가 사라지고 거주 기간만 연 8%씩 반영됩니다. 10년 이상 거주해야 최대 80%를 받을 수 있습니다. 이제는 집을 오래 가지고 있었다는 것만으로는 공제를 받기 어려워집니다.

내 공제율은 얼마나 달라질까: 1주택자 비교표

보유 기간과 거주 기간이 같으면 달라지는 게 없고, 오래 보유했지만 짧게 산 사람일수록 공제가 크게 줄어듭니다. 대표적인 세 가지 경우를 비교해 보겠습니다.

※ 1세대 1주택 장특공제율만 비교한 표입니다. 12억 원 이하 비과세, 고가주택 과세 방식, 필요경비 등에 따라 실제 세액은 달라지므로 양도 전에는 세무사 상담을 받으세요.

• 10년 보유·10년 거주: 어느 시점에 팔아도 80%로 같습니다.
• 5년 보유·5년 거주: 보유와 거주가 같으면 40%로 변화가 없습니다.
• 10년 보유·2년 거주: 현행 48%(보유 40% + 거주 8%)에서 2028년 32%(보유 20% + 거주 12%), 2029년 이후 16%(거주 2년 × 8%)로 3분의 1까지 줄어듭니다.

유리해지는 사람, 불리해지는 사람

유리해지는 쪽은 한 집에 오래 산 1주택자입니다. 정부안에는 10년 이상 거주하고 양도가액이 30억 원 이하인 1주택자의 기본공제를 연 250만 원에서 2,500만 원으로 늘리는 내용도 들어 있습니다. 2027년 1월 1일 이후 양도부터 적용하는 안입니다.

불리해지는 쪽은 집은 오래 가지고 있었지만 다른 곳에 살았던 1주택자입니다. 직장이나 자녀 학교 때문에 전세를 주고 다른 곳에 살았던 경우가 대표적입니다. 삼춘처럼 분양받은 집에 바로 입주하지 못하고 전세를 주는 경우도 여기에 해당합니다. 국회에서도 이 부분이 가장 큰 쟁점이라, 공제 축소 속도를 조절하는 방향으로 수정될 가능성이 있습니다.

정부안에는 직장 변경, 취학, 질병 같은 부득이한 사유로 거주하지 못한 기간을 최대 3년까지 거주로 인정하는 보완책도 들어 있습니다. 해당된다면 재직증명서, 재학증명서, 진료 기록처럼 사유와 기간을 입증할 자료를 미리 챙겨 두세요.

지금 1주택자가 확인해야 할 것

1. 내 보유기간과 거주기간 따로 계산하기: 취득일과 전입·전출일을 주민등록초본으로 확인합니다.
2. 보유와 거주의 차이 확인하기: 차이가 클수록 개편의 영향이 큽니다.
3. 양도 예정 시점 점검하기: 2027년 말까지는 현행 기준이 유지되는 안입니다.
4. 부득이한 비거주 증빙 챙기기: 직장·취학·질병 관련 서류를 미리 모아 둡니다.
5. 국회 확정안 확인하기: 최종 법률이 나오기 전에 세금만 보고 매도를 서두르지 마세요.

장특공제와 1세대 1주택 비과세는 별개입니다

장특공제는 양도차익에 세금이 매겨질 때 그 차익을 줄여 주는 제도입니다. 반면 1세대 1주택 비과세는 일정 요건을 갖추면 양도세 자체를 매기지 않는 제도로, 보유 기간 요건이 있고 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주 요건까지 붙을 수 있습니다. 또 양도가액이 12억 원을 넘으면 초과분에는 세금이 붙고, 이때 장특공제가 적용됩니다. 내 집이 비과세인지, 과세라면 장특공제가 얼마나 적용되는지는 따로 확인해야 합니다. 세부 요건은 국가법령정보센터의 소득세법과 시행령, 또는 국세청 안내에서 확인하세요.

정부 발표 내용은 2026 세제개편안 장특공제 개편 보도와 법무법인 세제개편안 해설(자산과세 분야)에서도 확인할 수 있습니다.

전세를 주고 있는 집을 팔 계획이라면 세입자와의 계약 정리도 함께 확인해야 합니다. 전세계약 중도해지 시 보증금 반환 기준도 참고하세요.

자주 묻는 질문

Q. 이미 가지고 있는 집에도 적용되나요?

정부안대로라면 취득 시점이 아니라 파는 시점을 기준으로 적용되는 구조입니다. 지금 가진 집이라도 2028년 이후에 팔면 바뀐 기준을 적용받을 수 있습니다. 경과 규정은 국회 확정안에서 꼭 확인하세요.

Q. 직장 때문에 다른 곳에 살았는데 불리해지나요?

불리해질 수 있습니다. 다만 직장·취학·질병 같은 부득이한 사유라면 최대 3년까지 거주로 인정하는 안이 함께 들어 있습니다. 3년을 넘는 기간은 인정받지 못하므로 보유와 거주의 차이가 큰 분들이 가장 영향을 받습니다.

Q. 언제 확정되나요?

세법 개정안은 보통 연말 정기국회에서 처리됩니다. 비거주 1주택자 반발로 수정 논의가 이어지고 있어, 최종 내용은 연말 국회 통과 뒤에 확정될 가능성이 큽니다.

정리: 이제는 ‘얼마나 살았나’가 기준입니다

장기보유특별공제 개편의 방향은 분명합니다. 보유는 덜 보고, 실제 거주를 더 보겠다는 것입니다. 한 집에 오래 산 1주택자는 영향이 거의 없고, 오래 보유했지만 짧게 산 1주택자는 공제가 크게 줄어듭니다.

사실 삼춘도 걱정입니다. 입주를 못 하고 전세를 주게 되면 거주 기간이 그만큼 비는데, 몇 년 뒤 팔 때 공제율이 얼마나 줄어들지 신경이 쓰이거든요. 그래서 국회에서 어떻게 확정되는지 계속 지켜보려고 합니다.

분양받은 아파트는 보유기간을 언제부터 셀까?

분양 아파트의 보유기간은 분양 계약일이 아니라 잔금을 치른 날(잔금청산일)부터 계산하는 것이 원칙입니다. 잔금 전에 등기를 먼저 했다면 등기접수일이 기준이 될 수 있고, 건물이 완공되기 전이라면 사용승인일 등 별도 기준이 적용될 수 있어 소득세법 시행령의 취득시기 규정을 확인해야 합니다. 분양권으로 가지고 있던 기간은 보유기간에 들어가지 않고, 거주기간도 취득일 이후 실제로 산 기간만 인정됩니다.

삼춘처럼 분양받은 뒤 입주하지 못하고 전세를 주게 되면, 보유기간은 잔금일부터 셀 수 있어도 거주기간은 늘지 않습니다. 개편안대로 거주기간만 공제에 반영되면 가장 영향을 크게 받는 경우입니다.

※ 이 글은 2026년 10월 기준 정부 세제개편안을 정리한 일반 정보이며, 확정된 법이 아닙니다. 개별 사안의 세액은 취득 시기, 조정대상지역 여부, 거주 이력 등에 따라 달라지므로 양도 전에는 세무사 등 전문가와 상담하세요.